因为肛瘘与肛周脓肿其实属于同一种疾病的不同分期。也就是坐骨直肠肛管周围间隙继发细菌感染以后，在急性期形成肛周脓肿。当脓肿破溃、迁延不愈，则形成肛瘘，肛瘘包括内口外口以及窦道。对于早期肛瘘的治疗，在临床上对于肛瘘唯有手术治疗才能获得治愈。如果是低位肛瘘，也就是肛瘘的内口开口于肛提肌下方，可以采用一次性的将肛瘘完整切除，创面敞开。可以获得治愈。而对于高位肛瘘，或者说复杂性肛瘘，也就是肛瘘的内口开口位于肛提肌上方通常不能一次手术，将窦道完全切开，否则会损伤到。肛管直肠环，从而引起术后的肛门失禁。对于高位肛瘘，即使是早期。也需要采用肛瘘挂线治疗。

因为肛瘘属于坐骨直肠肛管周围间隙感染疾病的慢性期，按解剖学上来说分为内口，外口以及窦道。临床上绝大多数是因为肛周脓肿行脓肿切排手术以后，所引起的坐骨直肠肛管周围间隙感染了慢性期，迁延不愈，反复发作。绝大多数患者需要再次行手术治疗才能获得治愈。因为窦道通常是经过肛门括约肌。开口于内口位于肛提肌上方，所以手术方式，在临床上绝大多数选择肛瘘挂线治疗而且肛管周围神经受到体表神经支配，手术以后，无论是行低位肛瘘。单纯的肛瘘切除或者是挂线治疗，术后疼痛感都比较剧烈，一般提倡清淡饮食。避免高脂饮食。同时尽量术后早期采用流质或半流质，减少粪便量排出，因为排便时可引起局部的肛门括约肌收缩，而引起剧烈的疼痛，所以，肛瘘手术后，饮食主要是低脂清淡饮食，尽量采用流质或半流质饮食。同时多进食果汁类的，以保持大便的松软通畅。以免引起剧烈的疼痛。

高位肛瘘主要发生于齿状线以上的瘘管感染，高位肛瘘主要因为肛周脓肿没有及时就医诊治而形成，目前只能做手术治疗，但手术治疗不可能一次根治，有可能会挂线，挂一次甚至于两次。脓肿虽然破了，当时剧痛、发热症状解决了，但瘘管感染依然存在。因为肛瘘位置很高，会损伤肛门括约肌，肛门括约肌全部损伤，可能控便能力很差，所以高位肛瘘很复杂。有可能做挂线，有可能要挂一次甚至于两次。一般挂线是今天手术挂一根线，10天后如果挂线不掉，一般以线代刀，线要是不能脱落，可能要行二次手术，如果二次手术治疗后，觉着内口找的不理想，有可能再次挂线。是高位肛瘘患者有可能做两次，甚至于三次手术。所以肛瘘患者最好及早去医院诊治。

肛瘘患者可以进行手术根治术，要可以保守治疗。一般肛瘘治疗方法主张95%以上最好做手术根治术，除非病人确实有身体的疾患，不如有白血病、血液病、血色素很低，无法承担手术。甚至于有的人岁数太大，瘫在床上，这样的人可以用保守治疗。95%以上的患者最好进行微创的肛瘘根治术。手术非常简单，主要把瘘管切开、引流通畅，手术后要去医院进行换药治疗。肛瘘的手术仅仅是成功了一半，剩下的一半需要每次换药治疗，肛瘘的换药与普通的腹部伤口换药治疗是不一样的，换药每次都要清洗肛管，让肛管没有脓性分泌物。所以肛瘘的病人做完手术以后一定要去医院进行换药治疗。肛瘘的手术根治治疗是一种微创的小手术，争取一次根治，但是如果肛瘘的位置很高，有高位的肛瘘，也就只有挂线进行二次，甚至于三次治疗。

肛瘘和痔疮是完全两种性质的疾病，感染原因不同、症状也不同。老百姓觉得肛门有点疼、出水以为是痔疮，把肛瘘误诊为痔疮，实际上不是这样。痔疮属于血管性疾病，以静脉曲张为主，肛瘘是感染性疾病，是大肠杆菌引起的软组织感染，感染后慢慢破溃流脓，从而形成肛瘘。肛瘘与痔疮症状不同，痔疮以便血脱出为主，偶尔会伴有疼痛。而肛瘘以肿块流脓为主，因分泌物太多，引起肛周皮肤病变，有时会伴有瘙痒。此外，肛瘘包块较硬，痔疮因其被血管、软组织、皮肤所覆盖，所以较软，且肛瘘肿胀时会出现疼痛，但痔疮不发作不会疼痛，以出血为主。肛瘘有可能会流血，但与痔疮出血完全不同，痔疮出血为喷射状，肛瘘是破溃流血，因此两种疾病截然不同。