一般在临床上卵巢巧克力囊肿做完手术后，应该可以在一段时间内怀孕的。因为卵巢巧克力囊肿容易复发。如果在手术后间隔的时间过长，则有可能失去了怀孕的最佳时间。一般建议在手术以后三个月到半年左右就可以考虑怀孕了，如果（恢复）时间过短，女性身体还没有恢复正常，则不能够耐受怀孕的。如果女性在做完卵巢巧克力囊肿手术后，长时间不怀孕，超过一年以上，再有妊娠的打算，容易出现巧克力囊肿的子宫内膜异位病灶复发，或者盆腔粘连，此时则会影响女性怀孕，甚至会导致不孕症的发生，所以一般建议在术后三个月到半年可以考虑怀孕。

巧克力囊肿治疗方法有手术治疗、药物治疗、放置宫内节育器等，主要是根据患者的年龄、生育要求的综合评估。1、对无生育要求，年龄45岁左右、症状重、病灶累及重要脏器或多种治疗无效者，建议行全子宫双附件切除术根治。双侧卵巢切除后，没有激素的支持，异位的病灶会萎缩退化消失。2、对于年轻要求生育的患者和不孕症患者经全面检查排除其不孕因素，首先应该尽早在腹腔镜下明确诊断，分离盆腔粘连，去除肉眼可见的病灶，恢复正常的解剖结构。保留子宫和卵巢。手术可以明确诊断，排除恶性肿瘤，缓解疼痛，改善生活质量，能显着提高轻度内异症的自然妊娠率。然后药物抑制内异症的残余病灶，改善盆腔的免疫环境，抑制雌激素水平。最后，建议中重度患者尽早积极采用辅助生殖技术助孕。不应长期期待或药物治疗。3、对无生育要求较年轻的患者可以选择腹腔镜手术去除病灶，保留卵巢和子宫，宫内放置曼月乐的方法，曼月乐是一种含有孕激素的宫内节育器，即可以避孕，又可以缓解痛经和月经过多的症状，预防内异症复发。如果没有口服避孕药禁忌症的患者也可以长期服用避孕药。

巧克力囊肿要用腹腔镜下囊肿剔除术来治疗。巧克力囊肿，也称卵巢子宫内膜异位囊肿，育龄期患者常合并不孕症，在不孕或有盆腔疼痛的妇女中的发现率为20%到68%，首先需对患者进行全面的不孕检查和生育评估，来给予生育指导。17%到44%子宫内膜异位症患者表现为卵巢内异囊肿，对首次发现的卵巢异位囊肿直径≧4cm，考虑手术治疗，首选腹腔镜下囊肿剔除术。但手术后极易复发，复发率为6%到67%。术后5年高达40到50%。为了预防复发，可以给予促性腺激素释放激素激动剂、孕三烯酮、短效口服避孕药、孕激素、米非司酮等药物等来预防复发，一般需用6-9个月。

如果术后反应较大，症状严重需要进行打针，如果不严重，通过药物治疗就可以了，可以跟自己的主治大夫进行沟通。巧克力囊肿术后不一定非要打针，需要根据病情来决定。治疗巧克力胶囊的方法有很多，其中包括药物治疗，手术治疗，中医治疗，需要根据自身的情况来使用治疗方法，一般症状较轻，可以使用药物或者中医治疗，如果严重要手术治疗。术后患者要注意自己情绪的调节，避免大喜或大悲，在饮食上多吃清淡的，忌食辛辣，忌烟忌酒，对于作息时间严格把控。

巧克力囊肿的诱发原因，一般就是子宫内膜异位症引起。另外，卵巢浆液性囊腺瘤或黏性囊腺瘤也可诱发。为什么会得巧克力囊肿，首先得知道巧克力囊肿实际是长在卵巢上的一个囊肿，但囊内液是那种巧克力的颜色。一般来讲，巧克力囊肿常常是因为卵巢的子宫内膜异位症造成，正常的子宫内膜异位到了卵巢的表面，每个月月经出血时也出血，时间长了以后就会形成咖啡色的咖啡色样的囊肿。这个囊肿会伴随月经的周期越来越大，甚至最后会发生破裂。除卵巢的子宫内膜异位症以外，还有卵巢的浆液性囊腺瘤或者是黏性囊腺瘤，也可能伴随囊内出血会出现咖啡色的液体。把液体抽出来时发现也是巧克力颜色。这个时候到底是什么样的囊肿，还需要把剥离出来在显微镜下观察，才能知道到底是什么原因造成，然后才能够去对症的去处理。总而言之，为什么会得巧克力囊肿，要知道是什么原因造成，更多的是卵巢的子宫内膜异位症或者是浆液性、黏性囊腺瘤的囊内出血。但为什么会得，这个原因目前还不清楚，还需要广大的医务工作者再进行深入探讨才能找到具体的原因。