目前临床上认为巧克力囊肿属于子宫内膜移位症的一种，也叫做卵巢子宫内膜异位囊肿。对于巧克力囊肿的患者进行检查，首先要进行超声检查，来结合患者的临床病史进行综合性的判断。卵巢巧克力囊肿的患者常常会出现痛经，并且痛经呈现进行性加重，而且一部分人群会有不孕不育的病史，所以除了进行超声检查，还需要进行抽血CA125检查，以及结合病史综合性的进行分析。对于卵巢巧克力囊肿的患者，如果囊肿小于5厘米，可以暂时的用药物治疗，如果囊肿过大大于5厘米，即必要时则需要进行手术治疗。手术后由于小子宫内膜异位囊肿具有复发性，需要定期的超声复查囊肿的大小。

目前临床上认为卵巢巧克力囊肿，也就是卵巢子宫内膜异位囊肿是有可能影响怀孕的，因为这是由于具有生长功能的子宫内膜异位到了卵巢上，这种疾病表现是多样的种植到子宫呈现子宫腺肌症。那么种植到卵巢，呈现卵巢子宫内膜异位囊肿也就是巧克力囊肿，这种疾病会引起盆腔的局部的粘连，从而引起输卵管、卵巢周围广泛粘连，从而会导致输卵管的梗阻扭曲，输卵管蠕动异常就会影响受精卵的输送，从而影响精子卵子相结合引起不孕症的发生，而且子宫内膜异位症的患者会引起女性盆腔的内环境发生改变，释放的某些物质会影响女性怀孕从而引起不孕症的发生。

对于卵巢囊肿的后遗症，主要是由于手术后导致的后遗症，出现卵巢囊肿手术后，如果手术过程中没有保护好卵巢的功能，会发生卵巢功能受损，从而影响女性的月经，而且手术后容易造成盆腔的粘连。患者会出现性生活后，腹部出现疼痛，严重者会影响女性的性生活的质量，而且术后也容易发生肠粘连，这种疾病的几率会更高一些，所以一般建议做完子宫内膜异位症，卵巢囊肿手术的患者一定避免过早进食，一定要等到排气后才慢慢的进一些流质或者半流质的食物，这样就不会容易发生肠粘连，而且要积极配合医生进行治疗，适当的下地活动，有助于帮助肠道的蠕动。

巧克力囊肿可引起痛经、导致不孕，容易恶变，还会导致胚胎畸性，增加流产率。巧克力囊肿易在月经前后出现自发破裂，患者会突然腹痛，类似急腹症。巧克力囊肿会破坏正常卵巢结构，使卵巢发生变化，减少卵子数量，造成生育力下降。也可使机体的免疫系统发生异常，使免疫细胞分泌出破坏卵巢组织的酶类物质，降低卵巢储备。巧克力囊肿极易造成卵巢和输卵管与周围组织的粘连，而且患病时间越长，粘连越严重，导致卵巢无法排卵，输卵管被死死的固定而动弹不得，即便是卵巢排卵后，输卵管也无法起到运输卵子的作用，无法完成受孕，最终导致女性不孕。巧克力囊肿和卵巢子宫内膜样癌，透明细胞癌之间的关系密切，恶变率约为1％。巧克力囊肿常常伴有体内免疫系统的失调，腹腔内细胞会分泌伤害精子的物质，影响精子活性。

卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，卵巢巧克力囊肿病变可只累及一侧卵巢，但约有50%以上的患者会累及双侧卵巢；随着病情的发展，患者可出现痛经、持续性下腹疼痛、月经失调、不孕和性交痛等病症。目前主要有西药治疗、手术治疗和中医治疗技术等，药物治疗主要目的是抑制雌激素合成，使异位种植的子宫内膜萎缩，或切断下丘脑-垂体-卵巢轴的刺激和出血周期，但对于较大的巧克力囊肿，不宜采用性激素治疗，腹腔镜是目前手术治疗内异症的主要手段。