卵巢巧克力囊肿会引起不孕症的，是因为移位的子宫内膜组织侵入到了卵巢，从而形成卵巢巧克力囊肿，这种移位病灶会破坏女性盆腔的卵巢组织以及盆腔周围的环境，同时还会影响女性输卵管的功能，从而影响输卵管的蠕动，引起不孕症的发生。卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种表示，同时也可以存在子宫腺肌症，它会破坏卵巢功能影响排卵，也会改善盆腔的环境，使盆腔的微循环发生改变，导致受精卵不能成形成，输卵管无法输送受精卵会引起不孕症的发生。而且盆腔内存在大量的异位内膜，会影响女性的免疫功能，刺激机体产生子宫内膜抗体，从而破坏子宫内膜的正常功能，导致不孕症的发生。

巧克力囊肿手术后是否影响生育，需要了解清楚手术的过程，如果患者没有生育过，临床医生一般会考虑患者有生育需求，尽量保留患者的生育能力。如果仅仅是切除了一侧的卵巢和输卵管的话，对侧仍然有卵巢，输卵管仍然可以正常怀孕的，只不过怀孕的几率会稍微的降低。对于卵巢巧克力囊肿有可能不需要切除输卵管和卵巢，仅仅去把囊液吸出，囊皮切掉病灶切除，则不会影响女性的生育。女性仍然在手术后可以正常的生育的，建议夫妻双方如果有备孕计划的话，可以在排卵期前后进行性生活。

卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变。卵巢巧克力囊肿是一种良性病变，发生恶变的几率比较小，所以和卵巢癌相比是不严重。正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。卵巢子宫内膜样囊肿，顾名思义，就是子宫内膜异位生长在卵巢上，异位的内膜与子宫腔内的内膜一样，都会随着卵巢分泌的雌孕激素的变化而变化，而发生坏死脱落流血，但是，因为没有排出的通道，只能集聚在卵巢内，久而久之形成囊肿。因为囊肿的内容物是子宫内膜和陈旧性的血液，样子很像巧克力，所以称为巧克力囊肿。巧克力囊肿的主要症状是痛经、不孕，如果囊肿大于4cm，建议手术治疗，术后容易复发。为了预防术后复发，术后需要继续用药6-9个月。

巧克力囊肿也称卵巢子宫内膜异位囊肿，是很容易复发的。虽然子宫内膜异位症的具体发病机制不清楚，但是“经血逆流”的理论是最经典的。女性发生经血逆流的真实概率非常高，子宫内膜异位症却没有同样的高发病率。这是因为，并非所有女性的体质都适合异位的内膜生长。反过来说，发生子宫内膜异位症的女性，体内环境可能比较适合异位内膜的扎根生长。通俗来说，其体质容易长巧克力囊肿。所以，即使做了手术，切除病灶，其体质还是改变不了。只要卵巢还可以产生雌激素，子宫内膜异位症就可能卷土重来，巧克力囊肿也同样如此。在做囊肿手术的时候，都是尽量清除掉能见到的病灶。即使是盆腔其他位置的内异灶，也是如此。然而有些病灶隐藏地很深，和周围的正常组织组织无法区分开来。这些微小隐匿的病灶，是术后复发的又一大根源。复发最大的痛苦莫过于痛经、盆腔痛。鉴于巧克力囊肿手术之后的高复发率，我们建议术后使用地诺孕素或促性腺激素释放激素激动剂或联合短效避孕药长期管理，力争复发率下降到最低的水平。

巧克力囊肿患者服用药物前，首先应明确巧克力囊肿性质，再选择合适药物治疗。浆液性囊腺瘤或粘性囊腺瘤，药物治疗无效。卵巢子宫内膜异位囊肿，可借助激素类药物抑制月经来潮，以此达到防止囊肿出血、继续长大的目的。也可借助中药治疗卵巢子宫内膜异位囊肿，其对患者并发痛经症状作用效果较好，但对囊肿增长抑制作用不大。一、浆液性囊腺瘤或粘性囊腺瘤，药物治疗无效；二、卵巢子宫内膜异位囊肿，可通过药物治疗，控制继续生长。但对于已经长出的囊肿，服用药物无法促使其消退，可用激素类药物抑制月经。一般只要不来月经，囊肿就不会出现继发出血以及变大。若月经正常来潮，囊肿继续长大可能性很大。有些中药也可治疗卵巢子宫内膜异位症，但中药对于缓解卵巢巧克力囊肿导致的痛经，效果比较好，对控制卵巢囊肿继续长大效果较差。