由于巧克力囊肿是由子宫内膜腺体间质移位到卵巢所引起的囊肿，这是由于子宫内膜碎片移位到了卵巢所形成的包裹性的囊肿。在平时来月经时囊肿会出现一个比较明显的疼痛，而且囊肿会逐渐的增大，那么我们在临床上可以采取腹腔镜手术治疗，但是手术就会出现副损伤，有可能会对卵巢组织造成一定的伤害，影响到卵巢的功能，从而导致女性的卵巢功能衰退。而且手术后还有可能会造成盆腔组织器官的粘连，患者可能会出现下腹部不适，甚至疼痛等临床表现，有一部分患者还会出现性生活时出现腹部疼痛的现象。建议女性在平时日常生活中注意腹部的保暖，避免受凉。

巧克力囊肿是由于具有生长功能的子宫内膜异位到了卵巢，所以使卵巢子宫内膜异位囊肿，从而形成了一个包裹性的囊肿，平时会有明显的痛经症状，而且囊肿会逐渐的增大。如果较大的巧克力囊肿可以采取腹腔镜手术治疗，不过手术可能有一些影响，比如有可能会对卵巢组织进行错误的剥离，或者手术中器械对卵巢组织造成副损伤，有可能影响到女性的卵巢功能，甚至还可能会引起卵巢功能过早的衰退，而且手术后开可以造成盆腔器官部分粘连。平时可能会出现腹部疼痛、下腹部部不适、性交痛等不良的现象出现。

巧克力囊肿治疗方法有手术治疗、药物治疗、放置宫内节育器等，主要是根据患者的年龄、生育要求的综合评估。1、对无生育要求，年龄45岁左右、症状重、病灶累及重要脏器或多种治疗无效者，建议行全子宫双附件切除术根治。双侧卵巢切除后，没有激素的支持，异位的病灶会萎缩退化消失。2、对于年轻要求生育的患者和不孕症患者经全面检查排除其不孕因素，首先应该尽早在腹腔镜下明确诊断，分离盆腔粘连，去除肉眼可见的病灶，恢复正常的解剖结构。保留子宫和卵巢。手术可以明确诊断，排除恶性肿瘤，缓解疼痛，改善生活质量，能显着提高轻度内异症的自然妊娠率。然后药物抑制内异症的残余病灶，改善盆腔的免疫环境，抑制雌激素水平。最后，建议中重度患者尽早积极采用辅助生殖技术助孕。不应长期期待或药物治疗。3、对无生育要求较年轻的患者可以选择腹腔镜手术去除病灶，保留卵巢和子宫，宫内放置曼月乐的方法，曼月乐是一种含有孕激素的宫内节育器，即可以避孕，又可以缓解痛经和月经过多的症状，预防内异症复发。如果没有口服避孕药禁忌症的患者也可以长期服用避孕药。

正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内雌孕激素的影响，每月脱落一次，形成月经。巧克力囊肿是指发生在卵巢上的子宫内膜异位囊肿，这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。卵巢子宫内膜异位囊肿，顾名思义，就是子宫内膜异位生长在卵巢上，异位的内膜与子宫腔内的内膜一样，都会随着卵巢分泌的雌孕激素的变化而变化，而发生坏死脱落流血，但是，因为没有排出的通道，只能集聚在卵巢内，久而久之形成囊肿。因为囊肿的内容物是子宫内膜和陈旧性的血液，样子很像巧克力，所以称为巧克力囊肿。巧克力囊肿的主要是症状是痛经、不孕和盆腔包块。巧克力囊肿的治疗方法主要是根据患者的年龄、生育要求的综合评估。手术是其主要治疗方法，术后为预防复发，需要继续用药治疗。

巧克力囊肿可引起痛经、导致不孕，容易恶变，还会导致胚胎畸性，增加流产率。巧克力囊肿易在月经前后出现自发破裂，患者会突然腹痛，类似急腹症。巧克力囊肿会破坏正常卵巢结构，使卵巢发生变化，减少卵子数量，造成生育力下降。也可使机体的免疫系统发生异常，使免疫细胞分泌出破坏卵巢组织的酶类物质，降低卵巢储备。巧克力囊肿极易造成卵巢和输卵管与周围组织的粘连，而且患病时间越长，粘连越严重，导致卵巢无法排卵，输卵管被死死的固定而动弹不得，即便是卵巢排卵后，输卵管也无法起到运输卵子的作用，无法完成受孕，最终导致女性不孕。巧克力囊肿和卵巢子宫内膜样癌，透明细胞癌之间的关系密切，恶变率约为1％。巧克力囊肿常常伴有体内免疫系统的失调，腹腔内细胞会分泌伤害精子的物质，影响精子活性。