核磁共振和CT的主要区别就是成像原理的区别，CT主要是利用X线的穿透作用，然后经过穿透以后采集衰减的信号，通过计算机处理，得到人体的一个断层图像。
就像经常看到的电视节目中演到的把西瓜切成片，一片一片的去看，这个就是CT的原理。
磁共振是通过一个外加磁场作用于人体，然后去掉磁场或者增加射频脉冲，然后检出色频脉冲以后对各个组织信号的采集。比如它衰减以后或者检出以后，这个信号通过氢原子恢复到原来的状态，释放出它的一个信号，因为不同组织中的含水比重不同，就可以得到不同组织的一个成像，通过这个成像可以去进行判断。磁共振主要和CT区别是它可以多平面成像，CT断层成像以后，通过计算机的三维重建也可以取得不同的成像。另外一个是磁共振可以反映组织的一个早期的病理改变，这是优于CT的情况。
比如股骨头的早期坏死，可以通过磁共振进行比较明确的诊断；另外像对心肌、心肌梗塞这种急性期的表现，通过磁共振都可以得到一个明确的诊断；另外像半月板、间盘、脊髓，这都是磁共振相对于优势的地方。
当然磁共振不如CT的地方主要是对肺组织的检查，因为肺组织里边含空气比较多，含水分相对来少，因此磁共振采集到的信号是相对来说比较弱的。这个时候核磁对肺的观察比如肺泡、小叶间隔，它的观察就不如CT。另外，磁共振成像速度比较慢，因此在心血管方面还是CT，尤其是64排以上螺旋CT，速度越快对心血管等速度要求高的这种成像越有优势，这就是它们两个主要的区别。