内镜逆行胰胆管造影检查虽然相对而言较为安全，但仍有部分患者可能会出现以下并发症。
1、药物过敏反应
部分患者可能会因造影剂或检查前应用的相关药物而出现头晕、皮疹、哮喘等过敏反应。
2、感染
人体消化道内存在大量正常菌群，向胆管或胰管内注入造影剂时，可能会因肠道内细菌入侵或药物本身刺激而引发胆管炎或胰腺炎。因此检查后如出现腹痛、寒颤、发热等症状，应及时就医应用抗生素或采取其他必要措施进行治疗。
3、出血或穿孔
少数患者可能会因内镜插入所造成的机械性损伤或进行相应治疗而出现消化道穿孔或出血等并发症。
4、全身并发症
部分高龄或存在危险因素患者，术后可能会出现心律失常、心肌梗死、低氧血症、肺炎、脑卒中等并发症，极少数患者甚至可能会因病情恶化而导致死亡。
5、检查失败
如胆管或胰管存在先天性解剖结构异常，则可能会导致检查失败。而部分患者即使给予适量镇静剂，也有可能会因镇静效果不佳或配合度过低等导致检查无法正常进行。此外，如检查过程中患者出现呼吸困难、低氧血症、低血压等症状，为确保安全也可能会考虑提前终止检查。
6、其他并发症
诊治过程中如造成胆管或胰管损伤，则有可能会引起胆管炎、胆漏、腹膜炎、胰腺炎等并发症。