肛瘘虽可口服清热、利湿、解毒的药物及通过药线的局部换药处理来达到闭合，但这种情况较少，大部分肛瘘需通过手术来根治。肛瘘手术需注意：第一、要正确寻找和处理管道、内口，否则会造成创面不愈合或瘘管反复发作。第二、要注意保留肛门括约肌的功能，如果破坏括约肌，损坏肛管直肠环，可能会造成肛门失禁。第三、注意术后换药处理，处理不当会造成假性愈合。所以，通常认为肛瘘是需要手术治疗的疾病，各种教材均提到以手术治疗为主，其他治疗为辅。