肛瘘临床上的分型方法还是要看瘘管穿透肛管的情况来决定，如果是在直肠环下方穿过，则可以确诊为低位肛瘘，相反的情况就是高位肛瘘。而且从瘘管的数量上来进行区分，如果外口与内口各有一个，与瘘管也仅有一条，则是单纯性肛瘘，如果有两条瘘管则是复杂性肛瘘。