大部分人的肛周脓肿是因为肛腺感染引起，正常的肛腺大部分位于括约肌之间，平时分泌粘液润滑肛肠，有助于粪便排出，细菌从肛腺导管开口部逆行侵入，引起肛腺炎，肛腺炎首先易发生括约肌感染。直肠肛管周围间隙为疏松的脂肪缔结组织，感染极易蔓延、扩散，形成肛周脓肿。如果脓肿未能得到及时引流，感染可沿着各个组织间隙扩散。