肛瘘手术后，会有肛门疼痛后遗症，不过这种后遗症会随伤口恢复逐渐消失；若肛瘘手术操作不当，会引起肛门失禁、肛门畸形、肛周脓肿、尿潴留等后遗症。
　　1、肛门疼痛
　　做肛瘘手术时，即使手术成功，但术后恢复期也会有伤口疼痛、肛门刺激等后遗症。不过这种后遗症随着伤口恢复逐渐消失，不用过于担心。
　　2、肛门失禁
　　患有高位肛瘘，进行复杂性手术时，操作不当有可能会切断或误伤肛门直肠环，导致肛门失禁，大便常会不受控制排出，对正常生活影响很大。
　　3、肛门畸形
　　做肛瘘手术时操作不当，会让切除创口过大，瘢痕形成，导致肛门畸形、肛门狭窄。
　　4、肛周脓肿
　　肛瘘手术后，深部组织没有愈合，肛门皮肤已闭合，出现假性愈合，可出现肛周脓肿。
　　5、尿潴留
　　伴随着前列腺肥大的老年患者做肛瘘手术后，常会在术后24小时内出现尿潴留。