口腔囊肿是临床上最常见的良性病变，治疗口腔囊肿的常规方法是手术切除，因为囊肿是良性的病变，对于放疗、化疗都不敏感，所以不适合进行放化疗的治疗，只能进行手术的切除。通常这类手术根据囊肿的大小，可以选择局部麻醉或者是全身麻醉，在进行囊肿治疗的时候，一般是要将囊肿、囊壁完整的刮除，需要沿着囊壁仔细的进行剥离，将整个的囊壁完整清除，这样能够达到根治的目的。
口腔颌面部的囊肿可以分为软组织来源的囊肿和颌骨囊肿两大类，颌骨囊肿又可以分为牙源性的颌骨囊肿和非牙源性的颌骨囊肿。口腔颌面部囊肿的治疗原则也是手术切除，手术要求跟患者的具体病情密切相关。如果是根尖周围的囊肿，不仅需要要摘除囊肿。如果囊肿中牙齿的根尖比较长，可能就需要拔除引起囊肿的牙齿，如果囊肿中的根尖比较短，可以进行根尖切除手术和根管充填手术。建议患者定期的到医院进行检查，如果炎症没有出现肿胀，可以配合使用消炎药物，也可以进行根管治疗。
对于黏液囊肿的患者，在疾病开始阶段囊肿呈透明状态，如果囊肿比较小，可以观察看看能不能自己吸收，在观察和治疗期间，注意避免刺激性的饮食。如果囊肿已经变得比较韧，不能变小就考虑要进行手术的切除。对于其他的颌骨囊肿，一定是尽早手术治疗，这样可以最大程度的保留牙槽骨和牙齿，避免手术的破坏进一步增大。