巧克力囊肿会对生育功能产生不利影响，发生不孕症的概率约为50％。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位囊肿，是最常见的子宫内膜异位症类型。这种疾病是因为子宫内膜组织长在卵巢上并反复出血、无法排出，引起了周围组织炎性反应、瘢痕形成而成为囊肿，囊内液为暗褐色巧克力状的陈旧性血液而得名。巧克力囊肿患者会因为卵巢、输卵管粘连而影响受精卵的正常运输，从而影响女性的正常受孕。如果巧克力囊肿破裂，则会导致急腹症，加重整个盆腔组织粘连，更加影响受孕。此外，巧克力囊肿也会增加妊娠后的自然流产率。因此，对于合并不孕症的巧克力囊肿患者，建议手术治疗，目前多采用腹腔镜手术，手术效果取决于病变程度。术后则应积极配合医生制定的治疗方案进行治疗，争取尽早妊娠。术后半年内是最佳怀孕时机，若术后超过2年仍不能妊娠者，再妊娠的机会很小。

巧克力囊肿属于卵巢子宫内膜异位囊肿，这种囊肿属于子宫内膜异位症的一种，在怀孕后一般会有所缓解，但是不一定会在怀孕期间消失。如果怀孕前就已经患有巧克力囊肿，并且囊肿的直径很小症状不严重可以让患者先怀孕。如果怀孕前囊肿的体积已经大于五厘米，而且影响了输卵管功能会导致不孕症的发生，所以建议先积极的治疗巧克力囊肿后再进行备孕。女性在平时日常生活中应该避免巧克力囊肿的发生。在平时要做好日常的预防工作，月经期要禁止性生活，因为月经期间进行性生活容易引起经血的逆流，从而引起盆腔子宫内膜异位症，甚至巧克力囊肿的发生，在月经期间也应该注意腹部的保暖。

有盆腔积液的女性有可能会同时得巧克力囊肿的，而盆腔积液是不会导致巧克力囊肿，反而患有卵巢巧克力囊肿的患者有可能会引起盆腔积液。盆腔积液在临床上认为是各种炎症性的疾病，或者是盆腔内一种病变所产生的组织渗液，或者腹腔内出血所产生的液体积聚在后穹隆的部位，我们称之为盆腔积液。而巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种特殊类型，它是具有生长功能的子宫内膜移位到了卵巢内，随着月经周期性的改变而发生内膜组织出血，剥脱，从而导致局部引起卵巢巧克力囊肿，这种囊肿会引起周围组织发生类炎症性的改变，从而导致周围组织渗出液会产生，因此会导致盆腔积液的出现。

巧克力囊肿手术治疗是首选。药物治疗主要达到卵巢抑制目的，或“假孕”和“假绝经”。目前常用药物是孕激素、内美通和促性腺激素释放激素激动剂等。促性腺激素释放激素激动剂作用机制是通过下调垂体促性腺激素分泌，抑制卵巢释放雌、孕激素，造成体内低雌激素状态，起到暂时性药物“去势”作用，使异位内膜萎缩达到治疗目的。研究证明促性腺激素释放激素激动剂有效且安全，主要副反应是低雌激素状态引起更年期症状，如潮热、出汗、阴道干涩、烦躁、抑郁及骨质丟失、关节痛等。为改善用药者症状，需同时补充少量雌激素，即“反向添加”治疗，目的改善低雌激素状态的同时，不促进内异症病灶复发。“反向添加”除可明显改善症状外，骨密度下降也会减少。对内异症引起疼痛治疗办法最多，但特效药不多，治疗效果不理想。可首选非甾体类消炎药，如布洛芬等。若没有生育要求，可放置曼月乐治疗。

巧克力囊肿可以怀孕。子宫内膜异位症分为腹膜型、卵巢型和深部结节型。腹膜型是最常见内异症，广泛分布在盆腹腔腹膜。卵巢型也很常见，可形成卵巢子官内膜异位囊肿，即“巧克力囊肿”，内容物并非真的巧克力，而是由于内异灶出血积累颇似巧克力汁样囊内液得名。腹腔镜是最佳手术选择。巧克力囊肿也可怀孕。不孕患者50%病因可归因到内异症头上。内异症患者中，一半左右可能发生不孕。子宫异位症引起不孕原因很多，可能是卵巢功能本身问题或腹腔微环境问题。通常不是输卵管堵塞问题，绝大多数内症患者输卵管是通畅的。