注意肛门卫生可以有效预防肛瘘。
一般肛瘘主要原因不认为是肛门不清洁，就有可能患过肛周脓肿，肛周脓肿没有及时的治疗，可能到了一些医院用点消炎药，输液，患者也不想做肛周脓肿的手术，这样用完药后脓肿的炎症就消失。但表面上看它不疼，也不流脓，里肛管的感染实际上是在继续，只是在用消炎药后它不发作了而已。
肛瘘患者，如果有脓肿的历史，把脓肿先切除了、根治了，一般的肛瘘都是脓肿惹的祸。如果说有患者没有脓肿，有患者直接就有肛瘘感染，那是因为他抵抗力非常低下，已经不能够达到形成脓肿了。比方说有白血病患者，化疗后白血球也就一千甚至于几百，血色素也就五六克，有肛周感染的情况下，根本不可能形成脓肿。中医叫做阴虚邪恋，这样的人一开始可能就有窦道感染了，形成不了脓肿，这样的人先保守治疗，如果不好也必须做手术根治。