尿道结石的治疗需要根据结石的位置，采用不同的治疗方法，小的尿道结石可以让患者尽量憋尿，憋到膀胱最大容量后，嘱患者用力排尿，可能排除结石。对于偏大的结石需要进一步手术处理。
一、嵌顿于尿道舟状窝的结石，可将尿道的内注入润滑剂，无菌液体石蜡，然后将结石缓慢的推挤出尿道外口，或者用血管钳经尿道口渗入将结石取出，如果结石偏大，可以用血管钳将其夹碎，体积变小后更容易取出。
二、前尿道结石，采用阴茎根部的组织麻醉下，压迫结石近段尿道阻止结石后退，注入石蜡油，再轻轻的向尿道远端推挤，勾取或钳出，有困难者，可选择输尿管镜下碎石后取出，处理切忌粗暴，尽量不做尿道切开取石，以免尿道狭窄。
三、后尿道结石可用尿道探子将结石轻轻的推入膀胱，然后通过膀胱镜、用钬激光等能量平台将结石碎掉。一般尿道结石都是通过这种微创的方法，来进行取石。