抗结核药物可能会出现过敏、肝毒性反应、中枢神经系统症状等副作用。
异烟肼是最安全、毒副反应最少的抗结核药物，副作用发生率百分之一点七左右，偶有过敏反应，约百分之零点七。肝毒性反应可引起一过性ALT升高，偶尔发生黄疸，一般认为，嗜酒者、老年人、同服RFP者、乙肝病毒携带者较为常见。末梢神经炎常规剂量并不多见，大剂量时可发生。
中枢神经系统症状如嗜睡、兴奋、失眠、记忆力减退、注意力不集中等。过敏反应可出现寒战、高热、头痛、关节疼痛的流感样反应，还可出现支气管哮喘样发作，胃肠道绞痛、皮疹以及白细胞减少、血小板减少、全血细胞减少。胃肠道反应恶心、呕吐、腹痛、腹泻、食欲不振等。引发肝毒性胃肠道反应。关节痛伴血清尿酸增高。链霉素会导致脑神经的损害引起耳鸣、听力下降及前庭功能障碍。肾功能损害偶出现蛋白尿、管型尿，血BUN、Cr增高。
老年人及肾脏病患者尤应注意。过敏反应包括发热、皮疹等。还可引起口唇周围麻木。乙胺丁醇会导致视神经损害引起视力下降、视野缩小等。末梢神经炎偶见。对氨柳酸主要的副作用有胃肠道反应、肝功能损害、过敏反应，还可引起甲状腺功能低下。