通常情况下，胃间质瘤被认为是潜在恶性的肿瘤，也就是有出现恶性肿瘤的可能性。实际上，胃间质瘤就是属于恶性肿瘤，胃间质瘤在小的时候，出现转移的几率，会比较小。但是，当患者的肿瘤长到一定的程度之后，出现转移情况的概率，就会变高。从它的生物学行为方面来讲，胃间质瘤是属于一种恶性的肿瘤。
胃间质瘤的严重程度，主要可以取决于几个方面。第一，取决于肿瘤的大小；第二，取决于它的肿瘤的生物学行为，包括核分裂象这些指标。如果对于胃间质瘤发现的早，肿瘤的分期早，对于这种情况的胃间质瘤患者，就能够治愈，肿瘤的恶性程度就低；如果对于胃间质瘤发现的晚，患者出现广泛的腹腔转移，或者是肝转移的情况，那治疗效果就会很差，属于晚期疾病，也就是胃间质瘤。