手术治疗仍为治疗的主要治疗手段。手术的原则是清除内囊，防止囊液外溢，消灭外囊残腔，预防感染。具体手术方法依包囊大小，有无胆瘘和感染或钙化决定。若发现肝包虫原则上是需要尽快手术切除，需要将包虫完整的切掉，甚至可以做部分的肝脏切除，防止它破裂到腹腔，种植转移到其他部位。