导致小儿发生慢性腹泻的原因主要是因为肠道菌群失衡，因为新生儿菌群尚未形成，如果在受到细菌、病菌和真菌等多种致病菌感染后，滥用抗生素的话，就容易引起慢性腹泻。另外，长期营养不良、乳糖不耐受和喂养不当的话，也容易造成小儿出现慢性腹泻的情况。

大多数患者会出现慢性腹泻，主要是因为消化不良、受到感染、脂肪吸收不良或食物中毒所造成的，例如经常吃一些油腻且不容易消化或腐烂的食物，就很容易导致腹泻发烧。除此之外，还有部分患者是因为本身就患有肠道疾病所引起的慢性腹泻，这都需要尽早接受治疗。

慢性腹泻的发病原因之一就是患有某些代谢性疾病，较为常见的就是甲状腺机能亢进症，也有可能是患有糖尿病。各种消化系统疾病也有可能会导致慢性腹泻，比如说克罗恩病，除此以外，溃疡性结肠炎以及大肠癌等消化系统疾病也容易引发慢性腹泻。

当出现慢性腹泻时，西医上会建议用肠炎宁片等止泻药、枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊等肠道微生态制剂止泻；必要时应用补液盐防止脱水。中医上可辨证服用胃苓汤加减、葛根岑连汤加减、痛泻要方加味等中药治疗；也可以选择推拿按摩的方法止泻。

婴儿慢性腹泻的症状主要表现为精神萎靡、排便次数增多、大便不成形、腹部疼痛等等，一旦出现了这些情况，就需要引起重视，避免病情加重。如果是因为细菌或病毒感染所引起的慢性腹泻，就可能会出现体温升高的症状，极少部分患者会出现低热的情况。