导致小儿发生慢性腹泻的原因主要是因为肠道菌群失衡，因为新生儿菌群尚未形成，如果在受到细菌、病菌和真菌等多种致病菌感染后，滥用抗生素的话，就容易引起慢性腹泻。另外，长期营养不良、乳糖不耐受和喂养不当的话，也容易造成小儿出现慢性腹泻的情况。

小儿因身体抵抗力较弱，所以一旦出现腹胀、消化不良等异常症状，都会让家长们特别担心。而长期腹泻，不仅会影响患儿的食欲，还可能造成营养不良的情况发生，这会直接妨碍小儿的正常发育。而想要控制腹泻，首先要明确病因，那小儿慢性腹泻的原因有哪些？
　　1、肠道菌群失衡
　　小儿容易出现慢性腹泻，还和肠道菌群失衡有关。正常情况下，肠道内益生菌群能刺激细胞分化，从而对入侵的微生物有抵抗作用。但是新生儿菌群尚未形成，如果平时也有滥用抗生素的习惯，那么肠道菌群失调会更加严重，最终就会造成消化功能紊乱以及慢性腹泻发生。
　　2、营养不良
　　部分患儿出现慢性腹泻，是因为先天性消化功能差所引发的营养不良。而长期营养不良不但会造成肠道易过敏，还会阻碍受损肠上皮细胞的修复，从而使腹泻的病程延长。而反复的过敏刺激会让肠粘膜免疫功能下降，进而让腹泻的情况愈发严重。
　　3、喂养不合理
　　如果是十八个月以内的小儿出现腹泻，多是因乳糖不耐受所致。而部分家长并不了解缘由，还盲目的继续喂服牛奶及其他过敏食物，不当的喂养也是导致小儿出现慢性腹泻的主要原因之一。
　　4、各种感染因素
　　当小儿肠道内受到细菌、病菌、寄生虫等多种致病菌后，也容易引发腹泻。另外，如果中耳炎、肺炎、皮肤感染等疾病发生后未能及时控制，而导致感染下行，也会使消化功能紊乱，进而出现腹泻的情况。
　　5、其他原因
　　长期有严重营养不良的情况，或者是持续性的受到病毒感染，以及患有获得性免疫缺陷综合症的患儿，也都容易出现慢性腹泻的症状。