完全流产手术有可能会发生一些并发症以及后遗症。手术的并发症最常见的是人工流产综合征。人工流产综合症是由于手术中对于子宫颈的牵拉引起的迷走神经反射导致的迷走神经兴奋，那么相关的结果就是血压的突然的下降，病人出现四肢发冷苍白晕厥等等的症状，严重的甚至会引起心脏骤停。另外手术中可能由于器械的操作导致子宫的穿孔，可能会引起邻近脏器的损伤，也就是像肠管的损伤，甚至是膀胱的损伤等等，病人就会有明显的腹痛，甚至术后发生发热的症状。再有术后可能由于对于子宫内膜的过度搔刮导致子宫内膜基底层的损伤，那么引起的后遗症就是继发性的闭经和不孕。