间位结肠一般嵌入结肠的肝区，也就是右侧结肠的肝脏和横膈膜之间。原因不是肠道本身，一般是肝脏下垂和位置异常引起的，是形成该病的基础，肝脏韧带过长、过弱、发育异常，使肝脏向下移动，扩大与横膈膜之间的间隙，使结肠向上移动，填补两者之间的间隙。横膈膜先天性弱，或者横膈膜麻痹是引起本病的原因。