当肛瘘发作时，如果仅采用保守治疗，可选择高锰酸钾溶液或复方苦参洗剂对肛门和瘘管周围进行局部熏蒸、清洗和消毒，以避免炎症进一步加重。百多邦软膏也可用于外口的攻击消炎治疗。九华痔疮栓或其他抗炎栓剂需要插入肛管以缓解局部炎症症状。保守药物治疗肛瘘不能取得疗效。肛瘘的主要临床治疗方法是手术。