根据婴儿腹泻的病因，将其分为感染性和非感染性病因。感染因素，肠道感染可能是由病毒、细菌、真菌、寄生虫引起的，其中病毒和细菌是最普遍的，特别是病毒，最为常见的病毒是轮状病毒或诺如病毒，细菌感染是由大肠杆菌、空肠弯曲杆菌和沙门氏菌引起的。还有寄生虫感染，最常见的是砂巴痢疾。也有一个非传染性因素，主要是饮食因素，喂养不当引起的腹泻，这主要是人工喂养儿童。