大多数新生儿肛门闭锁可以治愈。根据国际分类，新生儿肛门闭锁分为低、中、高三种。高部位，也称为复杂性肛门闭锁，约占20%，大部分属于低位和中位肛门闭锁。低，中位肛门闭锁，手术应该能够治疗，并有相当好的效果。低位肛门闭锁，治疗相对简单，有的只需做简单的手术处理，有的中位肛门闭锁，相对来说，手术比较复杂，高位肛门闭锁，更难处理。