直肠指检是肛肠科医师主要的检查方法，右手戴手套，食指涂蜡油从肛门进入直肠。先感觉肛门紧张度，看是否松弛，肛门是否狭窄，紧张，然后进入其中看是否有肿物、肿瘤、硬结，观察指套是否有出血、粘液。指诊可发现息肉、肛门乳头瘤、直肠癌等多种疾病。肛指检查由于儿童及幼儿肛门较小，除医生指粗不适外，其他患者可行肛指检查，指诊不会造成损伤，也可发现许多无法发现的疾病。