药物治疗的主要目的是抑制雌激素合成，收缩异位子宫内膜，或切断下丘脑-垂体-卵巢轴的刺激和出血周期。然而，对于大巧克力囊肿，性激素疗法并不合适。腹腔镜是目前子宫内膜异位症外科治疗的主要方法。卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的病变。卵巢巧克力囊肿病变只能累及一个卵巢，但约50例患者将累及两个卵巢。随着疾病的发展，患者可能会遭受痛经、持续性下腹痛、月经失调、不孕和性交疼痛。