外阴和阴道消毒准备中潜在问题包括刺激性问题和安全性问题。基于酒精的准备方案具有易燃性，且有电烧伤的危险。所有的外科手术准备方案有刺激局部组织的倾向，并能导致刺激性皮炎，过敏性皮炎，迟或速发型超敏反应。阴道上皮细胞不含粘液腺，因此，并不是一个经典的粘膜。然而，像口腔粘膜一样，阴道上皮缺乏角蛋白，术前准备时比其他皮肤表面更容易受到消毒剂的刺激。