肠道病毒71型手足口病疫苗可以预防绝大部分手足口病的发病及其导致的死亡，还可以预防肠道病毒71型感染导致的其他疾病。但是，对其他肠道病毒引起的手足口病无效，婴幼儿如果感染了其他肠道病毒，仍可患手足口病，但重症病例和死亡病例大大减少。