尽管免疫系统完全清除乙肝病毒的可能性很低，但有时也会胜出一头，抑制住乙肝病毒在体内的疯狂复制，使病毒不得不停止复制和放弃e抗原的产生，难以“组装”出完整的病毒颗粒。这时感染者的血清中e抗原转为阴性，e抗体出现，成为“小三阳”状态，血中的HBV DNA很低或检测不到，肝功能正常。这就是乙肝病毒感染自然史中的第三期——“非活动或低(非)复制期(简称：非活动期)”。