肛瘘的分类取决于瘘管与肛门括约肌的关系，分为：括约肌间型、经括约肌型、括约肌上方型、括约肌外型。当瘘管穿越外括约肌的30-50％以上（高位括约肌间、括约肌上方、括约肌外方），女性前侧瘘管，多个瘘管，复杂性瘘管，或伴有肛门失禁，治疗后可能引起肛门失禁的肛瘘均认为复杂性肛瘘。