中枢神经系统真菌感染起病常隐匿，表现为慢性或亚急性过程。从发病至出现显著的临床表现常在４周以上，患者可出现一些不典型的表现，如乏力，低热等。典型的临床表现包括发热、头痛、恶心、呕吐、颈项强直或神经系统检查异常等。起病后通常不会同时出现这些临床表现，而是表现为其中的一项或两项。随病情进展可出现颅内压力增高，亦可出现颅神经瘫痪和癫癎等表现。