无痛胃肠镜检查较以往的胃肠镜检查虽有很大的改进，但亦有一定的禁忌症,由于使用的药物是一种中枢抑制剂,且在肝内代谢，并不是人人都适宜做的。患有严重呼吸系统疾病如急性呼吸道感染、肺炎、慢性阻塞性肺气肿和哮喘的急性发作期、阻塞型睡眠呼吸暂停综合征者，本身就存在低氧血症，不宜做无痛内镜。张口障碍、颈项或下颌活动受限、矮胖体型者会影响气道开放，也不宜做无痛内镜。