儿童下丘脑错构瘤的治疗方法可以选择药物治疗、手术切除、其他治疗方法等。

1.药物治疗：儿童下丘脑错构瘤不是实质性肿瘤，生长较为缓慢，肿瘤体积可能长期不会出现变化，因此如果仅表现为性早熟症状，可服用曲普瑞林这类促性腺激素释放激素类药物。但是该种药物价格高昂，用药周期长，通常需坚持治疗到正常青春期年龄。

2.手术切除：手术治疗范围比较广，对于药物治疗无效者或者是在治疗期间出现共济失调、发作性癫痫等神经系统症状者、肿瘤占位效应造成神经功能障碍者，都适用应用。在下丘脑错构瘤全切除后，性早熟症状即可停止，激素水平也会恢复到正常状态，部分患儿癫痫发作完全停止或发作频率下降

3.其它治疗方法：除了上述方法之外，放射治疗、伽马刀治疗等方法，效果也不错，对于伴有痴笑或癫痫大发作患儿治疗效果好，对性早熟患儿理论上有效，但缺乏相应的临床实践。