治疗肛瘘，手术是主要的办法，原则是切除瘘管以形成开放性伤口进行愈合。手术的关键是确定瘘管的行程和内部位置。最大限度地减少对患者肛门括约肌的损害，并避免肛门瘘的复发。如果无法进行手术，则可以使用药物暂时缓解症状。

肛瘘是肛管和肛周皮肤的传染通道，由三部分组成：内口，瘘管和外口。主要侵袭肛管，很少累及直肠，长期不愈，是肛肠疾病的常见病，发病率仅次于痔疮，可发生于任何年龄，多见于年轻男性，那么肛瘘有什么治疗方法？
　　肛瘘的病因多为一般化脓性感染，少数结核，克罗恩病，溃疡性结肠炎，恶性肿瘤，肛管损伤等也可形成肛瘘。多数肛瘘来自直肠周围的肛门直肠脓肿。当脓肿破裂或切断引流时，成为外口；脓肿缩小并形成感染管道，原始病变成为感染源，并不断进入管道内口。
　　1.药物治疗-暂时缓解，无法治愈
　　肛瘘的早期治疗方法之一是药物治疗，早期的肛瘘患者，许多人会选择服用一些头孢类抗炎药或涂抹型抗炎药膏，但权威专家指出，肛瘘的发病机理在于感染后，纯药物只能消除表面症状并防止深层病变。而且，如果外口愈合并且内口继续被感染，则容易在体内形成更多的瘘管并发展为复杂的肛瘘，这更难以治疗。因此，最有效的治疗方法需要手术。
　　2.传统手术-痛苦，不完整
　　目前，在临床实践中有一些传统方法可早期治疗肛瘘，治疗方法是通过传统的诊断和方法检查患者。这种方法基于医生的经验，因此缺乏科学依据。在手术过程中，患者被完全切开并引流，患者遭受巨大的痛苦，影响正常的工作和生活。
　　3.医学治疗
　　外部治疗：肛门局部中药液浴，熏蒸或高锰酸钾洗液温水浴，并外用抗菌药膏；抗生素：急性感染发作或全身感染均可在指导下使用抗生素。
　　4.手术治疗
　　手术是治疗肛瘘的主要手段，基本原则是：清除病变，顺畅引流，尽可能减少肛门括约肌损伤以及保护肛门功能。由于肛瘘的复杂性和某些特殊的病理学背景，肛瘘手术后有一定的复发率。不应盲目追求手术激进，不要忽视可能带来的严重并发症，中医治疗仅限于调整患者的康复期和不适合手术的患者。