牙齿在根管治疗以后，再次出现疼痛的原因，可能是以下几方面：
第一，可能出现侧支根管的遗漏，根管内的神经没有彻底清除干净，残留的牙髓、牙神经继发产生炎症，再次出现疼痛症状，这种情况建议要去口腔科再次就诊，通过拍片检查，确定是不是有残留的牙神经、牙髓引起的，如果确定侧支根管有残留的牙髓，需要去除充填材料，把残髓去除，然后重新做根管治疗，在完善治疗以后，才能够有效的消除疼痛症状。
第二，根管治疗不完善，出现继发感染，导致根尖的炎症，严重的患者还会出现根尖脓肿，这种情况往往会有明显的咬合疼痛，在治疗的时候先要消除根尖炎症，需要进行根管的引流，也需要进行口服药物的治疗，在急性炎症消除以后，往往还需要重新做根管治疗。
第三，牙齿形成隐裂，或者根折，在咬合接触的时候也会产生一过性的疼痛。
第四，在用双氧水加压冲洗根管的时候，产生的气体溢出根尖孔，引起了局部的胀痛。
第五，做根管治疗的器械，在操作的过程中，穿出根尖孔，损伤根尖周组织，或者是做根管治疗的时候，根管糊剂，牙胶尖超出根尖孔，造成超填，也会产生刺激性疼痛。
第六，在进行牙齿咬合面充填的时候，充填体和修复体有咬合高点，造成了早接触和干扰，导致在充填治疗以后，局部出现咬合的疼痛，根管治疗以后牙齿再次出现疼痛。主要是因为根管治疗不彻底造成的，应该及时的复诊通过检查明确病因，必要的情况下，要进行二次的根管治疗。