新冠肺炎核酸检测，一般采用RT-PCR，或者高通量测序的方法，在鼻咽拭子、痰、肺泡灌洗液，以及其他下呼吸道分泌物、血液、粪便等标本中，可以检测出新型冠状病毒核酸。
一般检测下呼吸道标本，比方痰或者是经气道的抽取物更加准确，但是采集这样的标本要求非常高，通常只有住院的患者，或者危重症的患者，才能采集到这样的标本，而一般的患者基本上，都是用鼻咽拭子采集分泌物进行检测，也可同时对血液以及粪便，进行新型冠状病毒核酸检测，作为一种检测手段，也有假阳性和假阴性的情况存在，新型冠状病毒核酸检测为阴性，只能说明本次所采集的标本中，没有检测到新型冠状病毒核酸，但这并不能够说明，患者肯定就没有感染新型冠状病毒，尤其是新型冠状病毒，引起的肺炎改变，可能主要感染部位在下呼吸道，以及肺部且需要一定的病毒载量，才能够检测出核酸阳性，而一般采集鼻咽拭子多，因此可能会出现病毒载量不足，而导致的假阴性，一般通过肺泡灌洗液，诱导排痰等方式，可以在一定程度上提高检出率，同时在采集检验过程中，要避免样本污染造成假阳性。
在采集标本的时候，医务工作者必须做好个人防护，带N95及以上防护口罩、护目镜、连体防护服、双层乳胶手套、防水靴套，如果接触了患者的血液、体液、分泌物，或者排泄物，应该及时更换外层乳胶手套。