阴茎根部上长小疙瘩可能有多种的疾病所引起，具体消除的方法还得根据具体的病因来决定，不能一概而论。
常见的阴茎根部长小疙瘩的病因，有毛囊炎、皮脂腺囊肿，还有像尖锐湿疣这种性传播疾病。第一，毛囊炎。在阴茎包皮上面，有好多毛囊，毛囊出现发炎的时候，毛囊就会明显的增大，出现小疙瘩，一般还会有其它的症状表现，比如局部的阴茎、包皮出现红肿疼痛，所以根据这些症状特点，可以诊断毛囊炎。如果是毛囊炎，就应该使用抗菌的药物进行治疗，可以进行洗液进行外洗，消炎的药膏进行涂抹等等。
第二，皮脂腺囊肿。阴茎包皮上面存在好多皮脂腺，如果皮脂腺开口堵塞，里面的一些分泌物就会积聚起来，增大以后出现小疙瘩的表现。如果没有继发感染，没有特别的症状，通过查体是可以发现的。对于这种情况，如果囊肿不大，可以观察，囊肿过大可以进行手术切除。
第三，尖锐湿疣。尖锐湿疣是一种性传播疾病，在早期症状不典型，看上去像一个小疙瘩，如果过一段时间以后，就会表现出典型的特点来。尖锐湿疣典型的特点，形态是一种菜花状的形态，是非常明显的。
所以，对于这种情况，是可以观察几天，当出现典型的表现的时候，再结合患者自身的情况，比如有无不洁的性生活史等等，可以诊断为尖锐湿疣。一旦诊断成为尖锐湿疣以后，进行相应的治疗来消除尖锐湿疣的疣体，激光、冷冻或者手术等等都可以。