咽喉炎的危害有很多，急性咽喉炎会引起中耳炎，急性鼻窦症、急性支气管炎，严重的还会导致全身并发症。慢性咽喉炎会有睡眠呼吸暂停症状，还会出现黏膜萎缩等。
急性咽喉炎是病毒或细菌感染引起的，炎症未能很好控制，会向上侵犯到鼻咽部、咽鼓管引起中耳炎，患者有耳痛、耳闷胀感，包括听力下降，细菌感染严重会形成化脓性中耳炎，中耳大量积脓造成鼓膜穿孔。
急性咽喉炎还会诱发急性鼻窦炎，出现鼻塞、流黄涕、头痛等症状。炎症同时会向下呼吸道蔓延，易诱发急性气管儿炎、急性支气管炎。致病菌或毒素进入血液循环，还会引起全身并发症，比如急性肾炎、风湿热，甚至是败血症等。
慢性咽炎的危害主要集中在咽喉部。慢性咽炎最主要的症状是咽部的异物感。这种异物感可以长期存在，患者会感觉咽喉部长期有话梅核一样咽不下去吐不出来。中医把慢性咽炎称为梅核气，对患者的生活质量有非常大的影响。
有些慢性咽炎黏膜会慢性充血，而且呃咽后壁或舌根有大量颗粒状隆起的淋巴滤泡，咽侧所也会增粗，造成咽腔整体狭窄，易诱发夜间睡眠打鼾，有些慢性咽炎患者会出现粘膜干燥，表面易有粘稠的分泌物，甚至有臭味、黄褐色的痂皮，对患者的日常生活造成极大的影响。