胃蛋白酶原分为胃蛋白酶原一和胃蛋白酶原二，二者的比值，是临床非常关注的一个内容，又叫血清学活检。
胃蛋白酶原一是胃底腺，还有粘液菌细胞分泌的，它的数值如果偏高，说明胃酸分泌偏高。胃蛋白酶原二，除了这些部位能够分泌，还可以见于胃窦部细胞，还有十二指肠的一些细胞的分泌。如果胃蛋白酶原二明显增高，提示可能会有一些部位胃黏膜的萎缩、肠上皮化生，甚至异型增生等情况。所以如果胃蛋白酶原一下降，胃蛋白酶原二升高，这个比值就会偏低了。正常比值大概在7.5左右，低于3.0以下，就往往提示有肠上皮化生、腺体萎缩，这样能够有助于指导检查。这时候就应该要进行胃镜检查，来看看到底是什么部位的，病变、萎缩，而且通过病理活体组织检查来了解肠上皮化生的程度，甚至有没有异型增生，有没有胃癌。所以胃蛋白酶原的比值，显得非常重要。
目前临床上通过抽血化验，就能够大致了解，而且也对于用药以后疗效的指导也有很重要的意义，所以临床对于胃蛋白酶比值的检测现在应用越来越广泛。当然在检查这个比值的时候，同样会分别显示，胃蛋白酶原一和二的具体数值，也能够大致的判断，到底主细胞的功能、分泌功能、胃底腺、幽门腺的功能如何，也能够指导进行下一步处理。