急性结肠炎如果是细菌感染，需要使用抗生素，如果是炎症，需要是哪个抗炎药物和激素等治疗；如果激素治疗无效，需要使用免疫制剂、生物制剂等进行治疗，如果长期大量使用抗生素导致假膜性肠炎，需要停用抗生素，保证肠道益生菌治疗。
结肠炎的用药要明确结肠炎究竟是急性的炎症，是慢性的炎症，炎症病因是什么。因为不同病因需用的药不同，假如说急性的肠炎是由于细菌的感染造成，这个时候肯定是需抗生素。在临床中还有一部分，其实是由于自身免疫功能的失调而造成炎症，称之为炎症性肠病患者，他就需用抗炎的药物，除抗炎的药物以外，有一部分患者还需用激素治疗。
如果用激素治疗无效还需用到免疫抑制剂，甚至是生物制剂来治疗这种炎症性肠病，包括溃疡性结肠炎和克罗恩病。有一部分是由于结核杆菌引起，叫肠结核，这类的结肠炎症是由特殊细菌造成，要给抗结核治疗。另外有一部分患者，是由于抗生素的长期大量使用造成假膜性的肠炎，这个时候要停止抗生素，保证肠道益生菌治疗，所以结肠炎治疗要根据不同病因而采取不同措施。