甲亢治疗主要有三种方法，分别是抗甲状腺药物治疗、放射性碘治疗以及手术治疗。抗甲状腺药物主要是两类，一类是硫脲类，一类是咪唑类，代表药物分别是甲巯咪唑，还有丙硫氧嘧啶治疗，一般周期是1-2年，治疗过程当中需要根据甲状腺功能的情况来适当地增减药物。药物治疗有一些副作用，主要包括白细胞的减少以及肝功能的损伤。
药物治疗初期需要患者严密地监察药物的副作用，要查血常规来监测白细胞的一个变化，另外要查肝功来监测肝功能的变化。第二就是放射性碘治疗，放射性碘治疗和手术治疗，其实都属于一种破坏性的治疗，甲亢不容易复发。放射性碘治疗适合于甲状腺中重度的肿大或者是甲亢复发的一个患者。
放射性碘对于孕妇和哺乳期的妇女是绝对的禁忌症，由于放射性碘是有一个延迟的作用，所以随着时间的推移，患者会发生甲状腺功能减退。放射性碘治疗不适合由甲状腺眼征的患者，因为治疗后可以使甲状腺的突眼的眼征变得更加严重。手术治疗适用于那些甲状腺肿大伴有压迫症状的呼吸困难、吞咽困难这样的患者，另外高度怀疑甲状腺癌的患者，要考虑手术治疗。还有就是经过药物治疗以及碘131治疗无效的患者，也应该考虑进行手术治疗。