新生儿抽搐由于中枢神经系统异常放电引起，但这种异常放电可能有许多原发性颅内的一些病变，像颅内出血，有肿瘤、脑膜炎或脑血管意外、脑炎等引起。
另外缺氧缺血引起的惊厥，常发生在分娩前、分娩时或分娩后，并在伴有呼吸窘迫综合症的早产儿中发生。另外继发于全身性或代谢性疾病。像低血糖，在糖尿病母亲的新生儿，小于胎龄儿和有缺氧缺血及其他新生儿较常见。低血钙和低血糖一样可能没有症状。
低血钙常在早产儿及难产儿中有关。低血镁不常见，但当血镁低于一点四毫摩尔每升时也能引起惊厥。低血镁常与低血钙有关。
高钠血症或低钠血症，先天性代谢性疾病与氨基酸或有机酸代谢障碍也可导致惊厥；感染可引起惊厥，像革兰氏阴性菌引起新生儿颅内或全身性感染、巨细胞病毒或单纯疱疹病毒、梅毒螺旋体和古菌虫造成的中枢神经系统感染，也可引起惊厥。
其他原因引起的惊厥诊断可能较困难，但要积极寻找这些原因。还有一些产伤或是撤药综合征引起的中枢神经系统畸形；母亲滥用一些药物，像可卡因或是海洛因引起的惊厥也很常见。新生儿生后，因为发生急性的撤药综合征而导致的惊厥；维生素B6缺乏或是维生素B6依赖的新生儿惊厥，这种是罕见的。但是这个病很容易治疗，补充维生素B6就可以。