肺孢子菌在分类学上长期以来被划归原虫，被称为卡式肺孢子虫。肺孢子菌肺炎随着艾滋病和成人呼吸窘迫综合症的流行，肺孢子菌肺炎的发病率也呈上升趋势。临床上，两类易感人群需要引起重视，包括艾滋病感染人群，尤其是外周血CD4细胞小于两百每立方厘米。非艾滋病感染患者，例如肿瘤、内脏器官移植患者以及其他使用免疫抑制剂治疗的患者。
他的症状体征，主要症状包括发热、干咳和进行性呼吸困难，体征不明显，即使有严重的低氧和影像学改变时，肺部听诊也可正常。影像学表现胸部x线典型改变为两肺弥漫或者肺门旁分布的磨玻璃或者网格影，可以进展为实变影。诊断是根据是否是高危人群及艾滋病感染人群，尤其是外周血CD4细胞小于两百每立方厘米，以及是否是肿瘤移植患者和使用其他免疫抑制药物治疗的患者。一旦出现发热、干咳和进行性呼吸困难低氧血症，影像学表现为两肺弥漫的磨玻璃阴影，临床上应考虑肺孢子菌肺炎，他的确诊有赖于在呼吸道标本中找到病原体。