牙齿矫正容易引发口腔疾病，容易使牙根受到损伤。
牙齿表面以及釉质层的损害，还有牙根损害以及牙周的破坏，有患者可能需永久的带上保持器。长期稳定性是传统正畸常见问题，除非患者选择更换牙齿，不然治疗后通常都会导致复发，复发的频率是非常高的。这需患者长期佩戴这种保持器，来维护这种矫正的效果。
牙齿表面有牙釉质组成，是一种坚硬的矿物质图层，可以保护牙齿免受腐烂。当使用托槽时，这些托槽就会与唾液产生化学反应，这时就会腐蚀牙齿上的牙釉质。由于托槽被固定在牙齿上，所以很难清洁，如果牙齿没有得到适当的清洁，导致牙龈的疾病、牙齿腐烂和脱钙问题。
正畸治疗中，有患者牙根可能会受到损伤。随着时间的流逝，牙根就会因此溶解，但这种情况往往发生在固定器具治疗中，可拆卸的器具几乎不造成牙根的损害。有些人的牙齿通过常规治疗，并不能解决牙齿弯曲问题，所以需永久的佩戴。