肺炎衣原体呼吸道感染的症状或体征均无特异性。最早出现是上呼吸道感染症状，常见是伴有声音断哑的咽炎，有发热史。数天或数周后，患者上呼吸道感染症状逐渐减退，开始出现咳嗽，体温一般不高。鼻窦炎可出现在疾病早期，更多是出现在下呼吸道咳嗽期。肺炎衣原体感染很少累及呼吸系统以外的器官。肺炎衣原体主要通过飞沫传播，可引起急性呼吸道感染，如咽炎，鼻窦炎，支气管炎，非典型性肺炎等。健康人群的肺炎衣原体肺炎很少需住院治疗，但完全恢复时间长，即使在选择有效抗生素治疗情况下咳嗽和全身不适在其他症状缓解后仍然可持续一段时间。老年患者和已有某些慢性疾病患者，肺炎衣原体肺炎临床表现可能较为严重，少数甚至有生命危险，尤其是存在慢性阻塞性肺部疾病的老年患者。