胃窦炎主要是针对病人的症状进行治疗。
病人有消化不良，可以用一些助消化的药物。病人有上腹疼、胃疼、比如酸分泌高的胃疼、饿的时候疼的明显，同时伴有胃酸、烧心这些，可以用些抑制胃酸分泌的药物，比如质子泵抑制剂、如奥美拉唑、雷贝拉唑、潘妥拉唑等等。还有氢受体的阻滞剂，比如西米替丁、雷尼替丁等等。
有一类是因为慢性胃炎蠕动不好，蠕动不好病人会出现肚子胀、不爱吃饭、打嗝、胃气上逆，这样就可以用些促进胃蠕动的药物，比如吗丁啉，还有就是莫沙必利。还有些人是长期胃炎，会出现神经改变，或者是睡眠有影响，这个时候可以用一些镇静药、抗焦虑、抗抑郁的药物进行治疗。
慢性胃窦炎要区分，慢性胃窦炎只是炎症发生在胃窦，所谓胃窦就是整个胃，盲袋跟十二指肠相接的部分。发生胃窦炎症，有慢性萎缩性胃炎，还有的就是非萎缩性的胃炎。
浅表性胃窦炎治疗效果都很好。还有一类是萎缩性胃炎，萎缩性胃炎的病人，会伴有肠化生、异型增生、有的是单纯萎缩，萎缩性胃炎的是可逆转的。临床上对于萎缩的治疗还没有特效药，肯定能把萎缩性胃炎治好。但是有中成药是可以的。比如说经常用的葫芦丹，或者是胃复春之类的，同时要辅助叶酸。西医制剂，比如说硒酵母，西维尔这类药对于萎缩性胃炎治疗是有逆转的效果的。如果不幸发生重度肠化和重度异型增生，这种情况一定要到医院请医生处理，尤其是出现异型增生伴有萎缩的药镜下治疗。