包括心理准备和身体准备。心理准备主要是消除患者紧张情绪，以取得患者的配合，达到预期的手术效果。身体准备包括如下方面。
一.适应手术后变化的锻炼：练习正确的咳嗽和咳痰方法等。
二.胃肠道准备：患者应在手术前1至2天开始进流食，胃镜下治疗需禁食禁水6至8小时，肠镜下治疗前需口服复方聚乙二醇电解质溶液等进行充分肠道准备。肠道息肉行电切除时，应避免使用甘露醇作为肠道清洁剂，因其在肠道内分解易产生易燃性气体。必要时，可肌注山莨菪碱，减少胃肠蠕动。
三.服用祛泡剂：如西甲硅油，有去表面张力的作用，使附于黏膜上的泡沫破裂消失，视野更加清晰。
术前准备术前准备事项与肠镜检查基本相同，术后因需要禁食。为确保安全，患者应在术前将既往病史、现病史、过敏史、用药时等相关情况如实告知医务人员。如目前正在应用相关药物，应及时告知医务人员，并遵医嘱服药。应遵医嘱进食，并适当服用肠道清洁剂，促进肠内容物排出体外，术前需摘除假牙首饰等物品，并妥善保管，为应对术中可能出现的突发状况，并便于术后护理。