肛瘘发作最好的方法就是进行手术，如果不能进行手术，可采取保守治疗。对于有剧烈疼痛的患者，可以在肛管内注入抗生素或使用局部涂抹药膏，来消除炎症。可在创面涂抹消炎止痛药膏来缓解疼痛。建议进行肛门坐浴，因为通过坐浴可以促进血液循环，促进炎症的吸收，以缓解肛门括约肌的痉挛并且减轻疼痛，达到清洁肛门和消炎的作用、坐浴时一定要使肛门完全浸入到水中，这样效果才会更好，也可进行药物的熏洗来改善症状，等炎症缓解后可行手术治疗。

肛瘘是坐骨直肠肛管周围间隙感染的慢性期，按照解剖上来说，分为内口外口以及窦道，目前临床治疗上，肛瘘主要采用手术治疗，手术方式通常包括，单纯的肛瘘切除，或者是挂线治疗。一般来说，单纯的肛瘘切除，仅适合于低位单纯性肛瘘。其术后的愈合时间一般在1~2周左右。对于高位肛瘘或者是高位复杂性肛瘘，临床治疗上目前首选采用肛瘘挂线治疗。以免一次性切断肛门括约肌，而引起术后的大便失禁，采用橡皮筋的缓慢切割力。一般通过外口，然后将橡皮筋穿过至内口穿出、每3~5天收紧一次橡皮筋，从而缓慢的切割，从内向外，得到逐步愈合。一般对于采用挂线治疗的肛瘘，愈合时间通常需要2~3周左右时间，而如果对于高位复杂性肛瘘，如果一次手术当中没有完全找到窦道，甚至需要二次手术，才能获得治愈。

肛瘘是以提肛肌为界限，如果是提肛肌以上的称为高位肛瘘。提肛肌以下的称为低位肛瘘，外口超过两个的称为复杂性肛瘘。高位复杂性肛瘘，指的是有两个或两个以上的外口，瘘管走行在提肛肌以上的肛瘘。这种高位复杂性肛瘘，它的特点是损伤肛周括约肌的组织比较多，直接手术切开可能会对肛门功能造成影响，有引发肛门失禁的风险。所以在手术当中要尽可能的保留和保护肛门括约肌，保护肛门功能防止出现肛门功能失禁的情况。这种情况下可以采用肛门括约肌保留手术，进行相关的治疗。

小儿肛瘘主要就是在肛瘘外口适当的扩创，然后把里面的坏死组织、脓液排干净，解除当时的症状，随年龄的增长，可能慢慢的自行就愈合了，不建议去做切开根治手术。小儿肛瘘和成人的肛瘘一样，也是由于肛线感染引起，但是小儿肛瘘也有特殊的地方，首先小孩的肛线组织要比成年人的更为发达，一般成年人的肛线有七、八个左右，围绕在肛周不同位置。但是小孩的肛线是非常发达的，可能有二十几个、三十几个，这也是容易导致小孩发生肛瘘的一种原因。小儿的肛瘘通常不采取肛瘘切开根治的办法。因为小儿的肛线随小儿年龄长大以后，有很多肛线是会慢慢退化的，退化以后肛线不存在了，也是肛瘘感染的内口可能就不存在了。小儿的肛瘘是有一定自愈的倾向的，另外由于小儿肛门周围的括约肌发育的还不是很完善，比较薄弱，如果在患者年龄比较小时，给他做肛瘘切开根治的手术，容易损伤到小孩过多肛门括约肌组织，可能会影响以后肛门的功能。

肛瘘复发可能是因为手术遗漏和感染引起的，单纯性肛瘘在治疗后，出现复发的几率很少，但如果因治疗不及时，拖成复杂性肛瘘，导致出现两根或三根管，这种肛瘘就有复发的可能。手术中瘘管闭合，医生遗漏，因为患者复发次数太多，医生已经分不清楚哪是瘘管哪是瘢痕，遗漏势必会再出现肛瘘。如果肛瘘有一圈感染源，那么感染源会相继再生。