室间隔缺损是先天性心脏病中最常见类型，引起室间隔缺损的原因与引起其它先天性心脏病的原因是相似的，主要是由遗传和环境因素及其相互作用所致。 相关性较强的因素主要为孕早期宫内感染，如风疹、流行性感冒、腮腺炎等病毒感染有关。也与孕妇大剂量的放射线接触或服用药物史、孕妇患代谢性紊乱性疾病有关，如糖尿病、高钙血症与引起子宫内缺氧的慢性疾病等。另外也与妊娠早期酗酒、吸食毒品等有关。